Los años de Hurtado de Mendoza
La segunda mitad del siglo XVI.
El territorio conquistado se extendió hacia el sur, llegando a fundarse ciudades en Chiloé y en el estrecho de Magallanes, en condiciones de difícil mantención.
Cada nuevo año la guerra en Arauco se reanudaba al mejorar el clima en la zona de la frontera. Entonces todos los encomenderos y españoles ponían víveres y caballos para la hueste , con el fin de mantener el dominio al sur del Biobío y, así, llegar a explotar los lavaderos de oro en esa zona.
La Iglesia chilena.
En 1561 fue creado por el papa Pío IV el obispado de Santiago, el primero fundado en Chile .
Fue nombrado al frente de la diócesis Rodrigo González de Marmolejo, religioso que había llegado en tiempos de Pedro de Valdivia y que para la fecha de su designación era ya un anciano.
Por este motivo señaló tres procuradores, entre ellos el dominico fray Gil González de San Nicolás, para que recibieran el mando en su nombre.
Una segunda diócesis, La Imperial, fue fundada en 1563. Las primeras décadas de la Iglesia en Chile fueron de gran pobreza.

Gobierno de Francisco de Villagra (1561-1563).

La designación de Villagra como gobernador fue un triunfo de los primeros conquistadores sobre aquellos llegados junto a García Hurtado de Mendoza.
Pero su gobierno fue infructuoso. Se vio enfrentado a una pertinaz oposición de los mapuche en el sur y, además, la guerra y una epidemia de viruela diezmaron a la población indígena encomendada.
Esta fue una de las razones que llevaron al GobernadorHotwordStyle=BookDefault; a modificar parcialmente la Tasa de Santillán, reduciendo la remuneración indígena a un octavo del oro encontrado.

La Guerra de Arauco y la doctrina.
El fraile dominico Gil González de San Nicolás, que había llegado al país con Hurtado de Mendoza, introdujo en el país la defensa del indígena.
Según los reparos realizados por Francisco de Vitoria y Bartolomé de Las Casas, los indios tenían derecho a resistirse a la dominación española y a preservar sus costumbres, pues la aceptación de la fe católica y la soberanía real sólo era válida si era un acto voluntario.
Fue bajo el gobierno de Francisco de Villagra cuando el choque entre ambas posturas alcanzó su punto más álgido, a raíz de la negativa de algunos religiosos para absolver a los miembros de una expedición en contra de los indígenas.
El obispo de Santiago, Rodrigo González Marmolejo, convocó, en 1563, una junta de teólogos para establecer una postura oficial.
Esta manifestó que la perdurable rebeldía indígena justificaba la guerra en su contra, aunque reconocía que los españoles habían cometido excesos y se debían devolver los bienes a los indios despojados.

La Real Audiencia (1567-1568).
Desconfiando de la habilidad de los gobernadores anteriores y buscando aumentar su poder, el Rey instaló en Chile la Real Audiencia (Concepción, 1565), a la que se confió el gobierno.
El tribunal estaba formado por tres oidores y un presidente, cargo ejercido por el doctor Melchor Bravo de Saravia.
Entró en funciones en 1567, y pronto sus acciones fueron cuestionadas por los encomenderos, lo que llevó a Felipe II a dar mayores poderes a su presidente, Bravo de Saravia.

El gobierno de Melchor Bravo de Saravia (1567-1575).

Bravo no fue capaz de pacificar la Araucanía. Incluso, se abandonaron los fuertes de Arauco y Cañete, y las tropas españolas fueron derrotadas en el asalto al fuerte indígena de Maregueñu y vencidas en la batalla de Purén.
Su gestión, con los reveses militares en el sur, los conflictos con los otros oidores más su avanzada edad, llevó a una creciente parálisis en el gobierno del reino.

El terremoto de Concepción.
El 8 de febrero de 1570, en la ciudad de Concepción ocurría el primer terremoto registrado por los españoles,
Hacia fines del siglo XVI, las comunicaciones marítimas entre Perú y Chile seguían siendo lentas. En especial el viaje entre el Callao y Valparaíso demoraba a las naves, ya que debían enfrentar corrientes adversas en el mar.
En 1574, el piloto Juan Fernández, buscando una solución, realizó la travesía desde el Perú internándose más al oeste, con lo cual el viaje se acortó de tres meses a uno. En el trayecto, descubrió las islas que hoy llevan su nombre.
La nueva ruta impulsó un mayor tráfico de personas y mercancias entre ambas posesiones hispanas.

Segundo gobierno de Rodrigo de Quiroga (1575–1580).

Junto con la renuncia de Bravo de Saravia , se suprimió la Real Audiencia .
El Rey nombró gobernadorHotwordStyle=BookDefault; a Rodrigo de Quiroga, quien tuvo que enfrentar el terremoto que destruyó las ciudades de La Imperial, Villarrica, Osorno,Valdivia y Castro (1575).
También tuvo que enfrentar la sublevación indígena dirigida por el mestizo Alonso Díaz. Además, tuvo problemas para aplicar las tasas y las relaciones con la Iglesia fueron tensas.

Primeros corsarios y piratas: Drake en Chile.
Con el fin de despojar las riquezas americanas a la Corona española, varias potencias europeas fomentaron las correrías de corsarios y piratas.
Así, en 1578, el temido corsario inglés Francis Drake asoló las costas chilenas. A bordo de su nave El Pelicano, saqueó e incendió Valparaíso.
Rechazado en La Serena, atacó el puerto de Arica y se dirigió al Callao. En ese puerto peruano se apoderó de un barco con más de un millón de ducados.
El éxito de la empresa de Drake sería emulado durante la siguiente década por nuevos corsarios ingleses y piratas holandeses.

Martín Ruiz de Gamboa, gobernador de Chile (1580–1583).

Nombrado gobernador en el testamento de Quiroga, durante su corta administración llevó adelante ciertas políticas normalizadoras.

Fundó Chillán en 1580 –con el nombre de San Bartolomé– para asegurar la paz al norte del Biobío, objetivo no alcanzado al no poder debilitar la rebeldía de los picunche, huilliche y mapuche.
Por otro lado, consciente de los problemas generados a partir de la tasa que regía las encomiendas, en 1580 promulgó una nueva normativa. Otra labor de Ruiz de Gamboa fue el combate al alcoholismo entre los indios, creando para tales efectos el cargo de alcalde de borracheras .

La Tasa de Gamboa.
Dictada poco después que Ruiz de Gamboa asumiera el mando, suprimió el servicio personal de los indígenas, los cuales sólo estaban sujetos al pago de un tributo en oro o en especias que no podía superar los nueve pesos anuales.
Los vecinos se opusieron a las nuevas ordenanzas sobre trabajo indígena, ya que los indios abandonaron gradualmente la dura labor de los lavaderos de oro .
Esta tasa entró en desuso con la llegada del gobernador Alonso de Sotomayor (1583).

Gobierno de Alonso de Sotomayor (1583-1592).

La gran virtud de este nuevo Gobernador , militar experimentado y de destacada participación en los tercios de Flandes, fue darse cuenta que la Guerra de Arauco sólo se ganaría cuando se contara con un ejército profesional permanente, en vez de una hueste de vecinos.
Desestimó la vieja idea de Valdivia de obtener la paz mediante el asentamiento en el territorio mapuche. Sin embargo, sus sugerencias fueron desatendidas por la Corona a raíz de la falta de recursos.
Durante su mandato se reimplantó el trabajo personal del indígena, retornando a la tasa de Santillán.

El poblamiento del Estrecho (1584).
Los ataques de Drake a las costas chilenas decidieron al virrey Francisco de Toledo a enviar una expedición, al mando de Pedro Sarmiento de Gamboa, con la finalidad de cerrar el Estrecho a los corsarios.
Llegadas al Estrecho, las naves fueron separadas por los vientos y corrientes; ante esta situación, Sarmiento decidió viajar a España. Allí Felipe II le confió la misión de poblar y fortificar el Estrecho, dotando a la expedición de mayores recursos.

Los corsarios ingleses.
Entre 1583 y 1592, período en el que gobernó Alonso de Sotomayor, el reino de Chile soportó varios ataques de corsarios , como consecuencia del paso obligado por el estrecho de Magallanes a las ricas costas del Pacífico.
El aumento de los ataques corsarios decidió a la Corona a aumentar las fortificaciones en los puertos más importantes, como también el armar las naves comerciales.
A pesar del terror y las perturbaciones comerciales que provocaron, estos personajes contribuyeron a los progresos de la geografía mundial.
La osada aventura de Drake quiso ser repetida por otros corsarios, uno de ellos fue Tomas Cavendish. Sus incursiones en las costas de Chile, realizadas en 1587, fracasaron, al obtener un botín muy exiguo.

Martín García Oñez de Loyola (1592-98).
Martín García Oñez de Loyola; , sucesor de Alonso de Sotomayor, fundó la ciudad de Santa Cruz, en la confluencia del Biobío y el Laja (1584), y debió enfrentar los asaltos del corsario Richard Hawkins.
De la misma forma que otros gobernadores, se vio imposibilitado de dominar a los mapuche, debido a la escasez de recursos y hombres. Intenta la pacificación a través de la entrega, a los indios capturados, de instrumentos de labranza, experiencia que no resultó.
Otro famoso corsario de Richard Hawkins, quien tras atravesar el Estrecho, saqueó Valparaíso en 1593, siendo luego atacado por la escuadra del virrey García Hurtado de Mendoza .
Después de un cruento combate, las fuerzas de Hawkins se rindieron con la condición que se respetaran sus garantías individuales. El Virrey lo envió a España, donde estuvo preso por largos años.

La sorpresa de Curalaba (1598).
Oñez de Loyola marchó contra los rebeldes organizados por el cacique Pelantaro , empero fue atacado mientras acampaba sin protección en el sitio de Curalaba, cerca del río Lumaco. En esta batalla el Gobernador perdería la vida.
Esta derrota encendió la rebelión –germinada en años de campeadas y abusos españoles– con la consiguiente destrucción y abandono de las ciudades al sur del Biobío, quedando las tierras al norte del río, la ciudad de Valdivia y Chiloé en posesión definitiva de los españoles.
Era éste el fin de más de cuarenta años de esfuerzos de conquista y asentamiento en el sur y se cerraba el período de Conquista.

Consecuencias de Curalaba.
El siglo XVI finalizaba, dejando en la miseria al reino de Chile y destruidas siete ciudades ( Santa Cruz de Oñez, La Imperial, Valdivia, Angol, Arauco, Villarrica y Osorno).
Quedaban más de mil soldados muertos y alrededor de cuatrocientos españoles cautivos de los indígenas.
La derrota hispana señaló las limitaciones de la hueste de encomenderos y la necesidad de un ejército permanente, financiado por la Corona, para terminar con el peligro mapuche y estabilizar el dominio español en el reino.